白色的双孢蘑菇采收后，在常温下容易变成褐色，如果在运输过程碰到机械损伤后，褐变更加迅速，不仅影响外观和质量，也降低商品价值。消费者购买后，如不及时食用，也会变黑褐色。蘑菇变黑的主要原因是多酚氧化酶的作用，在有氧条件下，蘑菇体内的多酚氧化酶发生化学反应，无色的酚类氧化成红褐色的醌，醌再与氨基酸反应，生成褐色或黑色的聚合物，这就使蘑菇颜色呈黑褐色。褐变的蘑菇营养价值和风味已经受到很大影响，尽量不要吃，而且褐变后的蘑菇容易发生霉变腐烂和变质。
双孢蘑菇采收后，在常温下呼吸强度较高，几个小时就会开伞，甚至褐变，所以消费者最好将买来的蘑菇尽快加工食用，防止褐变。低温、低氧、高二氧化碳的条件，可以抑制双孢蘑菇的呼吸强度，抑制多酚氧化酶的活性和褐变进程，延长保鲜期。据试验，在0～3℃的低温、90%-95%的相对湿度下，双孢蘑菇可以保鲜1～2天。