用于柱色谱的自动组分收集器及取样器
常见的制备性色谱柱是直径5mm至50mm的管状玻璃仪器，高5mm至1m，底部有旋塞，柱体底部间通常塞有多孔玻璃块或玻璃纤维以支撑填料。色谱柱的装填主要有两种方法：
干法装填。首先往柱体装入干燥的固定相粉末，然后自顶部加入流动相溶剂，冲洗直至整个固定相被溶剂浸没。
湿法装填。首先将固定相和流动相溶剂混合制成悬浊液，关闭色谱柱旋塞，柱体竖直，均匀地将悬浊液倒入，注意不能产生气泡。倾倒最好一次完成，否则固定相间断层影响分离效果。等待片刻，固定相沉降，有时用塑胶球轻敲柱体帮助固定相堆积密实。装填完成后顶端自然留有一段溶剂。
固定相装填完毕后，通常在其顶端铺上一小层硅藻土、玻璃纤维或棉花等材料，用来保护固定相顶层的形状不被流体搅乱。将液面调节至固定相顶端以上，硅藻土顶端附近，小心滴加含有待分离物质的溶液。溶剂自柱色谱上口补充，同时打开下旋钮开始洗脱。分离过程中必须保持液面在固定相顶端以上，否则将会出现气泡和裂缝。[3]如果发生干柱，吸附在固定相中的产物可能很难冲洗下来，需拆下使用溶剂溶解，造成时间上的消耗和产物上的损失。由于分离时间通常较长，有时在柱顶加上一溶剂球，或装满溶剂的分液漏斗，以保持液面可以持续高于柱顶一段时间，而不必一直在旁值守。
使用一系列按次序编号的锥形瓶或试管等接收溶剂，由于各组分通过固定相速度的差异，流出时间有差别，于是不同组分被分离到不同编号的容器中。通过旋转蒸发等手段浓缩产物。并且，较长时间的柱色谱分离可能耗费大量溶剂，旋蒸过后的溶剂可拿来重复使用。
对于有色物质的分离，可通过流出序列颜色判断产物位置，[4]然而，多数情况需要借助分析性色谱的方法判断。常用的方法例如取一组流出液点板，进行薄层色谱分析，硅胶板置于紫外灯下，从产物荧光判断组分。
柱色谱法的分离步骤
可同时操作数根色谱柱以提高分离效率，多通道收集器可实现区分不同组分的流出液，其原理为通过紫外-可见分光光度法或荧光光谱监控流出液的组分。已有快速制备色谱仪实现自动化的分离和组分检测。[2]